基于BSA-seq和RNA-seq挖掘水稻株高相关QTL

被引：3

作者：

吴元明 ^{[1
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林佳怡 ^{[1
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柳雨汐 ^{[1
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李丹婷 ^{[2
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张宗琼 ^{[2
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郑晓明 ^{[3
,4
,5
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逄洪波 ^{[1
]}

机构：

[1] 沈阳师范大学生命科学学院

[2] 广西壮族自治区农业科学院水稻研究所广西水稻遗传育种重点实验室

[3] 中国农业科学院作物科学研究所

[4] 海南三亚中国农业科学院国家南繁研究院

[5] 国际水稻研究所

来源：

生物技术通报 | 2023年 / 39卷 / 08期

基金：

海南省自然科学基金;

关键词：

水稻; 株高; 定位; BSA-seq; RNA-seq;

D O I：

10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2023-0386

中图分类号：

S511 [稻];

学科分类号：

摘要：

株高是影响水稻产量稳定性的重要因素之一，水稻株高相关QTL的定位及候选基因的挖掘，有助于深入了解株高分子调控机制，进而为培育理想株型的水稻品种奠定基础。以油占8号及广西野生稻为亲本构建的285个CSSL群体为试验对象，结合NGS与BSA-seq等方法，利用SNP和InDel两种分子标记进行关联分析，对可能与株高相关的基因组区段进行定位。结果显示，Δ（SNP-index）分子标记在Chr.7和Chr.10中分别关联到3.205和1.311 Mb大小的候选基因组区域。Δ（InDel-index）标记关联到的基因组区域大小分别为2.848和1.292 Mb，且全部包含于Δ（SNP-index）关联到的区间内。结合GO、KEGG、Uniprot、eggNOG等数据库中的功能注释、高质量多态性位点筛选以及已有的株高相关转录组数据，最终关联到Chr.7中的5个候选基因，包括功能和机理已知的OsTCP21。RT-qPCR结果显示，OsTCP21在高株和矮株中的表达差异与已有研究结果相一致，LOC＿Os07g05050和LOC＿Os07g02850在高株中表达量较高，LOC＿Os07g04220和LOC＿Os07g02770在矮株中表达量较高。这5个候选基因在水稻株高性状的调控中起重要的作用，OsTCP21是一个关键调控基因。

引用

页码：173 / 184

页数：12

共 43 条

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