Die zurzeit einzige etablierte Therapie der Zöliakie ist die glutenfreie Ernährung. Schon sehr kleine Mengen des Klebereiweißes (< 50 µg) können einen Antikörperanstieg und eine Veränderung der Dünndarmmukosa zur Folge haben. Aus diesem Grund muss die glutenfreie Ernährung sehr streng durchgeführt werden, selbst kleine Mengen glutenhaltiger Speisen sind nicht zu tolerieren.