基于问卷、访谈及统计数据资料,采用因子分析、数学建模等综合分析方法,以知识经济下城市创新职能及城市体系理论为理论基础,探讨中国城市的创新格局、网络、等级体系及城市的创新联系,研究表明,中国创新城市体系空间格局形成以上海、北京为顶级城市的五级塔型城市体系结构,东部沿海城市在中国创新城市中具有重要地位,省会城市及经济强劲的城市一般成为区域性的创新中心。中国创新城市体系受城市创新规模、城市科研规模与效率、城市创新潜力因素、城市创新环境等多方面因素的影响。以城市间合作论文数量来测度城市之间的创新联系,结果表明,北京在知识传播和知识合作创新中的处于中心位置,高层级的城市在知识传播与合作中明显比较高层级与中层级以及低层级城市多,省会城市及经济实力强劲的区域中心城市在知识传播中起重要的作用。