人类白细胞抗原HLA-DPA1和HLA-DPB1基因高通量测序分型的研究

目的建立可靠的人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)基因HLA-DPA1和HLA-DPB1同步测序分型方法,研究南方汉族人群HLA-DPA1和HLA-DPB1基因的多态性。方法根据HLA-DPA1和HLA-DPB1等位基因的全长序列,分别采用位点特异性引物扩增HLA-DPA1和HLA-DPB1目的基因片段,涵盖完整的第2外显子。PCR产物经磁珠纯化,用自行设计的测序引物及优化的测序反应体系对HLA-DPA1和HLA-DPB1第2外显子进行双向测序。纯化的测序反应产物经ABI 3730测序仪测序,用Assign 3.5 SBT软件分析结果。结果 PCR扩增获得了清晰的HLA-DPA1和HLA-DPB1基因目的片段,对HLA-DPA1和HLA-DPB1基因的第2外显子进行的双向测序结果中,序列无背景信号和杂峰。在176名南方汉族健康无关个体中,共检出了4种HLA-DPA1等位基因,其频率分布依次为:DPA1*02:02(0.589)>DPA1*01:03(0.284)>DPA1*02:01(0.096)>DPA1*04:01(0.031)。HLA-DPB1检出了14种等位基因,其中频率大于5%的4种等位基因为:DPB1*05:01、DPB1*02:01、DPB1*04:01和DPB1*02:02,频率介于1%～5%的7种,其余3种等位基因的频率均为1%以下。HLA-DPB1测序分型的结果与用AtriaAlleleSEQR商品化测序分型试剂盒检测的结果一致。结论建立了HLA-DPA1及HLA-DPB1测序分型的方法,在群体遗传学及疾病关联研究等领域具有广泛的实用价值。