目的:从新疆贝母干叶片中提取高质量的DNA,建立ISSR-PCR体系并进行优化。方法:通过改进的CTAB法提取基因组DNA;综合利用单因素实验和L9(34)正交实验2种方法,对镁离子、dNTP、模板DNA含量、TaqDNA聚合酶量、引物浓度等因素进行优化,并采用温度梯度筛选引物的退火温度。结果:新疆贝母20μL ISSR-PCR最适反应体系dNTP为0.3 mmol/L,Mg2+为2.0 mmol/L,模板浓度为40~100 ng/(20μL),引物为1.2 mmol/L,Taq DNA聚合酶为1.0 U/20μL,引物UBC 859的最适退火温度为50.7℃。结论:此提取方法得到的DNA纯度高,ISSR-PCR扩增效果显著,为新疆贝母种质资源鉴定、遗传多样性分析奠定研究基础。