Smith-Waterman算法OpenMP并行化

被引：2

作者：

张瑜 ^{[1
]}

王继东 ^{[1
]}

机构：

[1] 西北师范大学计算机科学与技术系

来源：

自动化技术与应用 | 2010年 / 29卷 / 01期

关键词：

OpenMP; Smith-Waterman算法; 并行编程;

D O I：

暂无

中图分类号：

TP311.11 [];

学科分类号：

081202 ; 0835 ;

摘要：

基因比对可以实现对海量生物信息的分析和处理,其中Smith-Waterman算法实现的比对信息精确度较高,但是处理速度慢。本文利用共享存储编程的工业标准OpenMP对Smith-Waterman算法进行了并行化实现。在一个拥有四个双核CPU的SMP节点上的测试表明,共享并行化使得该局部比对算法的速度提高了40%。

引用

页码：37 / 40

页数：4