使用我国2005-2007年约30万家工业企业数据,描述性统计得到:第一,单个企业受财政补贴的额度呈下降趋势,企业研发投入的资金来源中自筹资金比例上升;第二,财政补贴与企业研发投入分布存在较大的行业差异;第三,财政补贴严重向国有企业倾斜,国有企业是我国研发投入的主力军。虽然财政补贴在总体上能够促进企业研发投入,但门槛面板数据模型的估计结果表明:财政补贴与企业研发投入呈现复杂的非线性关系;对于制造业国有企业,财政补贴占企业研发投入的最佳比例是13.45%~27.75%,在此区间财政补贴显著带动企业研发投入,具有挤入效应,超过27.75%时对企业研发投入显著负向影响、挤出效应明显;但对私营企业、特别是私营高科技企业,财政补贴只有挤入效应、没有挤出效应。因此,提高财政补贴效率、促进企业自主研发的关键是,确立技术发明公共性补偿或风险补偿的合理定价机制,确保私营企业、特别是私营高科技企业得到合理的补偿。